İlk Defa Tazmanya Kaplanından RNA Elde Edildi

Bulgular, müzelerde tutulan örneklerin, biyologlara önceden inanıldığından çok daha fazlasını öğretebileceğini gösteriyor.

İsveç’ten bir ekip, özel olarak modifiye edilmiş bir protokolle, 132 yaşındaki Tazmanya kaplanının (thylacine) derisinden ve kasından milyonlarca RNA dizisi çıkardı.

Bilim insanları tarafından Thylacinus cynocephalus olarak bilinen çizgili, etobur keseli hayvan, 1930’larda Avustralya’nın Tazmanya adasında nesli tükenene kadar avlanmıştı.

Thylacine gibi soyu tükenmiş hayvanlardan DNA’da kodlanan bilgiyi proteinlere çeviren genetik materyal olan RNA’nın elde edilmesi, uzun süredir kayıp olduğu düşünülen gen aktivitesi hakkında bir bilgi hazinesini ortaya çıkarabilir.

Stockholm Üniversitesi’nden Emilio Mármol-Sánchez ve meslektaşları, yeni makalelerinde, “Artık canlı hücrelerde bulunmayan RNA ekspresyon profillerinin elde edilmesi, soyu tükenmiş hayvanların biyolojisinin derinlemesine incelenmesi olasılığını genişletiyor.” diyor.

(İlgili: Nesli Tükenen Hayvanlar Nasıl Diriltilebilir?)

Stockholm Üniversitesi’nden moleküler biyolog Marc Friedländer, “Bir asırdan fazla süre önce nesli tükenen mikroRNA’lar gibi thylacine’e özgü düzenleyici genlerin varlığına ilk kez göz atıyoruz.” diyor.

DNA dizilerini okumak bize bir türün hangi genlere sahip olduğunu söylerken, RNA dizileri aslında hangi genlerin ‘açık’ olduğunu ve hücrelerin içinde protein yapmak için kullanıldığını ortaya çıkarır. Ancak RNA, DNA’dan çok daha hassastır ve çok daha hızlı parçalanır, bu nedenle eski örnekleri kurtarmak zordur, ancak imkansız değil.

Mármol-Sánchez ve meslektaşları, 1891’de kataloglanan ve Stockholm’deki Doğa Tarihi Müzesi’nde rafa kaldırılan bir thylacine örneğinden altı kas ve deri örneği aldı.

132 yıllık thylacine’den elde edilen RNA, en eskisi değil, ama ondan çok da uzak da değil. Son yıllarda, donmuş topraklarda yaklaşık 14.300 yıl boyunca korunan bir köpekgilden ve 5.300 yıllık mumyalaşmış bir buz adamdan RNA elde edildi.

Eski köpekgilin net bir taksonomik sıralaması yok, ancak ailesi bugüne kadar varlığını sürdürüyor; bu da thylacine’in, RNA’sı elde edilen, gerçekten soyu tükenmiş ilk hayvan olduğu anlamına geliyor.

thylacine’in RNA’sının bir kısmı, yüzlerce veya binlerce yıl korunduğunda veya mumyalama kimyasalları kullanıldığında beklenebilecek hasar belirtileri taşıyor. Numuneler aynı zamanda insan ve muhtemelen bakteriyel RNA ile de kontamine olmuştu. Ancak araştırmacılar, thylacine RNA dizilerinin gerçekliğini, bunları türün genomuyla eşleştirerek doğrulayabildiler.

Araştırmacılar, kas örneklerinde, kas liflerinin gerilmesine ve büzülmesine izin veren titin ve aktin gibi dokuya özgü proteinleri kodlayan RNA’yı ve deride keratin adı verilen yapısal bir proteini kodlayan RNA’yı buldular.

Çalışma ekibi, birçok etik ve teknolojik soruyu gündeme getiren bir proje olan thylacine’in yeniden hayata döndürülmesi için devam eden çabalara yardımcı olacağını umdukları bulgularından heyecan duyuyor.

Ancak bunun da ötesinde, soyu tükenmiş türlerden alınan RNA’nın dizilenmesi, araştırmacılara zaman içinde farklı RNA virüslerinin varlığını tespit etme fırsatı sunabilir ve bu da viral evrimi anlamamızı hızlandırabilir.

Mármol-Sánchez ve meslektaşları şöyle diyor: “RNA’nın bu tür eski kalıntılardaki varlıkları, müzelerin kuru koleksiyonlarında saklanan mevcut ve soyu tükenmiş türlerin örneklerinden RNA viromunun profilini çıkarma potansiyelini akla getiriyor.”

Science Alert. 24 Eylül 2023.

Makale: Mármol-Sánchez, E., Fromm, B., Oskolkov, N., Pochon, Z., Kalogeropoulos, P., Eriksson, E., … & Friedländer, M. R. (2023). Historical RNA expression profiles from the extinct Tasmanian tiger. Genome Research, 33(8), 1299-1316.