Antik Japonların Bağırsak Mikrobiyomu DNA ile Belirlendi

Fosilleşmiş dışkıdan elde edilen antik DNA, Neolitik Japonya sakinlerinin bağırsak mikrobiyomları hakkında ipuçları veriyor.

Bilim insanları, yaklaşık 7.000 ila 5.500 yıl önceki Erken Jomon dönemine ait koprolitleri (fosilleşmiş dışkı) analiz etti.

Erken Jomon dönemine ait DNA kalıntıları üzerinde yapılan analizler sonucunda antik Japonların bağırsak biyomu hakkında bilgilere ulaşıldı. Araştırmacılar incelemeleri sonucunda koprolitlerde yani fosilleşmiş dışkılarda korunan bir dizi virüs, mikrop ve gıda genomunun dizilimini çıkarmayı başardı. Ve böylece Jomon halkının bağırsak mikrobiyomu hakkında daha fazla bilgi edinebildiler.

Bilim insanları araştırmaları sonuçlarına yer verdikleri makalede: “Mikropların vücuttaki rollerinin bireylerin sağlığı ve hastalığı üzerinde belirgin bir şekilde etkili olduğu göz önüne alındığında, antik mikrobiyal genom, avcı-toplayıcılık veya çiftçilik gibi yaşam tarzlarının; patojenik durumların göstergelerini sağlayabilir” diyor. 

(İlgili: Avcı-Toplayıcı Yaşam, Bağırsak Mikrobiyomunu Teşvik Ediyor)

Bilim insanlarının üzerinde çalıştığı örnekler 1970’lerde Fukui Prefektörlüğü’nde bir kabuk yığını alanında kazılan 400’den fazla koprolitten oluşuyor. (Kabuk yığını tepecikleri, Japonya arkeolojisinde sıkça görülen, kabuklu deniz hayvanlarının artıklarının bulunduğu arkeolojik sit alanına verilen isim. Bu bölgeler aynı zamanda eski insan aktiviteleri hakkında da bilgi veriyor)

Araştırmacılara göre bu kabuk tepecikleri, 16.000 ila 2.900 yıl önce Japon takımadalarında yaşayan Jomon halkının kalıntılarını içeriyor. Araştırmacılar tarafından analiz için kullanılan koprolitler ise tepecikteki 7.000 ila 5.500 yıllık olduğu tahmin edilen katmanlardan geliyor.

Araştırmacılar, daha fazla DNA’ya sahip olan kalıntılar üzerinde analiz yapmak üzere bölgeden 10 adet örnek aldı. Ardından bu örneklerden 4’ü üzerinde ayrıntılı genetik dizileme gerçekleştirdi. Genetik bilgiyi çıkarmak ve toplamak için ise “Shotgun dizileme” adı verilen bir yöntemi kullanıldı.

Araştırma sonuçları, farklı organizmalardan çoğunlukla küçük parçalar halinde büyük bir DNA listesi verdi. Elde edilen DNA verilerinin çoğu virüslerden geliyordu özellikle de bakterileri enfekte eden virüsler olan fajlardan. Araştırmacılar ayrıca insanların bağırsaklarında yaşayan bakteri, mantar ve mikroplar hakkında da bilgi topladı. DNA’nın bir kısmı ise muhtemelen insanların tükettiği somon gibi yiyeceklerden geliyordu.

Bilim insanları araştırma sonuçlarına yer verdikleri makalelerinde “Okumaların ortalama uzunluğu, genomik varyasyonları analiz etmek için çok kısa olsa da, virüslerin, bakterilerin ve muhtemelen gıdaların genomlarıyla eşlenen çok sayıda okuma gözlemledik” diye belirtiyor.

Cosmos Magazine. 29 Ocak 2024.

Makale: Nishimura, L., Tanino, A., Ajimoto, M., Katsumura, T., Ogawa, M., Koganebuchi, K., … & Inoue, I. (2024). Metagenomic analyses of 7000 to 5500 years old coprolites excavated from the Torihama shell-mound site in the Japanese archipelago. Plos one, 19(1), e0295924.